עטלפי הפירות המצויים מקימים מושבות בעיקר במערות, מחבואים תת-קרקעיים, ולעתים על עצים. הם גמישים בבחירת מקומות הקינון שלהם, ויכולים להשתכן גם בעליות גג חדשות, מרתפים, חניונים תת-קרקעיים ושאר חללים סגורים. הם בוחרים את אזור המחיה בעיקר לפי טיב המחבוא התת-קרקעי ולא לפי זמינות המזון והקרבה לעצי פרי. בישראל המרחק הממוצע בין מושבות העטלפים שנחקרו לבין עצי הפרי מהם הם ניזונים הוא 30 מטר. בחודשי החורף, כאשר זמינות הפירות ואיכותם יורדת, הם נוטים לאכול גם עלים ואבקנים.
